GATC investit dans les deux nouvelles technologies de Séquençage d’Illumina/Solexa et Roche Diagnostics

Comme premier Prestataire de Services de Séquençage en Europe, GATC Biotech a publié l’achat d’un séquenceur de génomes FLX de Roche et également d’un Analyseur Génétique 1G d’Illumina/Solexa.

Ces appareils augmentent la capacité de séquençage de GATC d’en ce moment de 15,6 Giga-bases à 130 Giga-bases par an et seront installés dans les laboratoires de Constance. Avec cette acquisition, GATC sera l’unique Prestataire de Services de Séquençage d’Europe pouvant offrir une solution complète en haut débit : de la préparation d’échantillons avec Séquençage Ultra High Speed jusqu’à la bioinformatique à l’aide du logiciel DNASTAR SegMan Pro™ pour l’assemblage des grandes quantités de données et Integrated Genomic ERGO™ pour l’annotation génétique.

Grâce à l’intégration de ce nouveau système de séquençage avec ceux déjà existants, basés sur la Méthode de séquençage plate-forme Sanger, GATC sera dans le futur en mesure d’offrir des Services de Séquençages avec l’utilisation des trois technologies de séquençage de pointe.

La Méthode Sanger classique est également la technologie ayant le plus fait ses preuves pour le séquençage d’échantillons simples. Elle gardera aussi dans le futur son importance comme système Backbone pour des séquençages de génome novo et comparatif ainsi que des reséquençages. Le séquenceur FLX sera employé de façon optimale pour l’analyse détaillée de transcriptomes entiers en raison de sa longueur de lecture de 250 Bases par lecture à raison de 400.000 lectures par parcours. L’Analyseur Génétique 1G sera utilisé pour les grands projets de reséquençages, étant donné qu’il a la possibilité de générer de grandes quantités de données encore plus vite et plus économiquement. Ceci est intéressant surtout pour le reséquençage de souche de produits, donc aussi pour le séquençage ultra profond pour la reconnaissance de très rares SNP et Mutations.

Etant donné que les nouveaux systèmes de séquençage produisent de grandes quantités de données de bases, le logiciel d’analyse de bioinformatique joue un rôle clé important. GATC est en possession pour cela d’une plate-forme grande échelle avec une force de capacité de systèmes d’assemblage et d’annotation pour répondre dans le futur équitablement aux besoins demandés. Par exemple, des génomes microbiens peuvent être maintenant séquencés avec l’Analyseur 1G Génétique ou le séquenceur FLX et assemblés avec DNASTAR SeqMan Pro™. SeqMan Pro est le seul logiciel disponible sur le marché qui puisse assemblé les données de séquences Sanger avec les données de séquences des nouveaux systèmes. Les génomes seront annotés avec ERGO™ forte prestation de Genomanalyse-Suite d’Integrated Genomics.

De plus, l’utilisation des nouveaux systèmes de séquençage va réduire les délais de livraison de façon drastique. GATC pense pouvoir faire ainsi la production de données de bases jusqu’à 50 Mega-bases, par exemple de levures et champignons de génomes sous un délai de quelques jours seulement.

Citation de Peter Pohl, CEO GATC Biotech : « en Octobre 2006 - GATC fut le premier Prestataire de Services de séquençages d’Europe au sein de la coopération de recherches a pouvoir offrir la technologie 454 de services de séquençage. Cette coopération avait pour but l’évaluation des systèmes de bioinformatique en combinaison avec les nouvelles technologies de séquençages. En Décembre nous étions à nouveau les premiers à livrer à un konzern les données de séquence d’un génomes faites à l’aide d’un GS20^®*. Pendant notre coopération de recherches, nous avons pu recueillir de précieuses connaissances par rapport aux nouvelles technologies de séquençage. Nous avons de ce fait décidé d’investir dans les deux systèmes, étant donné que leur combinaison en fait un large Service-Portfolio. Ce qui nous donne la possibilité d’adapter encore mieux nos Services aux besoins personnels de nos clients, pratiquement sur mesure. De plus, grâce à nos accords de longue durée avec DNASTAR, nous pouvons offrir des solutions complètes avec de courts délais de livraison. Théoriquement, nous sommes maintenant en mesure de séquencer un génome humain de 3 Giga-bases avec un simple Coverage dans un délai de 10 jours pour moins de 75.000 Euros. Il y a quelques années, les chercheurs avait besoins de plusieurs années pour ce genre de grandeur de projet et cela coûtait des Millions d’Euros ».

GATC va présenter les résultats bioinformatiques d’un projet génomique séquencé à l’aide des technologies Sanger et 454 et assemblé avec SeqMan Pro™ à la « Plant and Animal Genome Conference XV » à San Diego en Janvier au Stand de DNASTAR

*GS20 est une marque déposée d’article de Roche Diagnostics